本部门涵盖党委研究生工作部、研究生处和学科建设办公室3个职能处室，合署办公。党委研究生工作部主要负责统筹和宏观指导研究生思想政治教育与日常管理等工作；研究生处主要负责学校研究生的招生、培养、学位管理等工作；学科建设办公室主要负责学科建设发展规划制定落实及各类学位授权点申报、评估等工作。

2021年11月，三亚学院获批成为硕士学位授予单位，同时社会工作、旅游管理、电子信息获批成为专业学位硕士授权点；2024年9月，三亚学院获批国际商务、金融、设计、国际中文教育、应用心理、音乐和翻译7个专业硕士学位授权点，硕士点总数为10个，是研究生教育发展速度最快的民办高校，已经位于全国民办高校研究生培养的第一梯队。

办学19年来，学校对应高水平应用型大学办学定位，围绕国家重大战略需求和海南自贸港建设的发展目标，以学科建设为龙头，以“立德树人、服务需求、提高质量、追求卓越”为研究生教育工作主线，通过严把招生录取质量、优化导师队伍结构、改革人才培养模式、完善培养体制机制、强化质量监控体系、加强思想政治教育等有力措施，持续推进学位与研究生教育工作高质量发展，研究生规模显著增长，为国家和海南自贸港经济社会发展培养“德智体美劳”全面发展的高层次专门人才。